Według zamysłu Jana Pawła II 26 sierpnia 1989 r. miała się odbyć konsekracja biskupia nowego nuncjusza apostolskiego w Castel Gandolfo, w kaplicy, w której znajduje się obraz Matki Bożej Częstochowskiej ofiarowany Piusowi XI przez Episkopat Polski. Papież miał już nawet przygotowaną homilię. Jednak do konsekracji 26 sierpnia nie doszło. W tym dniu została dopiero ogłoszona nominacja dla ks. prał. Józefa Kowalczyka, który sakrę przyjął w październiku. Ojciec Święty Jan Paweł II wyniósł go jednocześnie do godności arcybiskupa tytularnego Heraklei.
Jako dewizę posługi biskupiej abp Kowalczyk wybrał słowa: Fiat voluntas Tua (Bądź wola Twoja). „Gdy przedstawiono mi tę decyzję, stan mojej duszy przypominał uczucia Jeremiasza, który wyjąkał: «Ach, Panie Boże, przecież nie umiem mówić». Ale Pan mi odpowiedział: «Pójdziesz, do kogokolwiek cię poślę, i będziesz mówił, cokolwiek tobie polecę. Nie lękaj się ich, bo jestem z tobą» (Jr 1,6-8). Odpowiadam więc słowami Maryi z Nazaretu (...): «Niech mi się stanie według twego słowa!» (Łk 1,38). Okazuję w ten sposób moją pełną gotowość wobec wezwania Boga, Kościoła i Papieża, który dobrze zna moją nieudolność” – napisał abp Kowalczyk w liście dziękczynnym do Jana Pawła II, skierowanym w dniu ogłoszenia nominacji. Sakrę biskupią otrzymał 20 października 1989 r. w Bazylice Świętego Piotra z rąk Ojca Świętego.
Do Polski abp Józef Kowalczyk powrócił - po 24 latach studiów i pracy w Watykanie - 23 listopada 1989 r. W drodze z Rzymu do Ojczyzny towarzyszył nowemu nuncjuszowi abp Bronisław Dąbrowski, sekretarz generalny Konferencji Episkopatu Polski. Na lotnisku Okęcie abp. Kowalczyka powitał prymas Polski kard. Józef Glemp. W przemówieniu powitalnym abp. Kowalczyk zaznaczył, że ma świadomość tego, jaka przeszłość i jakie dziedzictwo jest związane z powierzoną mu posługą, a także wysiłków Episkopatu w kierunku normalizacji stosunków ze Stolicą Apostolską. „Posługę moją pojmuję przede wszystkim jako posługę kapłańską i kościelną, posługę stałego reprezentowania Biskupa Rzymu w Kościele w Polsce, wobec narodu i wobec władz państwowych. Ma być zgodna z nauką Soboru Watykańskiego II i prawem kanonicznym – znakiem jedności Kościoła i troski Ojca Świętego o dobro narodu polskiego, o uwydatnienie suwerenności państwa opartego na pełni suwerennych praw społeczeństwa, żyjącego w nim; troska bowiem o zabezpieczenie tych praw stanowi część pasterskiej posługi Kościoła w dzisiejszym świecie” – podkreślił hierarcha.
Jako główne zadania dla pierwszego po II wojnie światowej nuncjusza apostolskiego w Polsce Jan Paweł II wyznaczył uzgodnienie i podpisanie konkordatu oraz przeprowadzenie podziału administracyjnego Kościoła w kraju.
Arcybiskup Kowalczyk rozpoczął uroczyście misję apostolską w Polsce podczas Mszy św. w warszawskiej katedrze św. Jana Chrzciciela 26 listopada 1989 r. Następnego dnia modlił się na Jasnej Górze: „Całą moją misję nuncjusza, którą pojmuję jako służbę Kościołowi i narodowi, zawierzam Tobie, Maryjo, a przez Ciebie – Twojemu Synowi, Odkupicielowi człowieka. Niech On, za Twoim wstawiennictwem, darzy mnie światłem łaski, abym umiał należycie odczytywać w Polsce znaki czasu i zgodnie z ich wymogami postępował”. Wówczas spotkał się z całym Episkopatem, który na Jasnej Górze zgromadził się na dorocznych rekolekcjach.
Listy uwierzytelniające nowy nuncjusz apostolski w Polsce złożył ówczesnemu prezydentowi Wojciechowi Jaruzelskiemu 6 grudnia 1989 r. w Warszawie.
md/BP KEP
Na podst. „Fiat voluntas Tua. Arcybiskup Józef Kowalczyk. Nuncjusz Apostolski w Polsce”, pod. red. s. Ewy Bońkowskiej USJK i Adama Wieczorka, Oficyna Wydawniczo-Poligraficzna „Adam”, Warszawa 2002. (md © Biuro Prasowe KEP 2009) 
