W swoich poglądach Tomasz odróżnia wiedzę od wiary, dziedzinę rozumu od dziedziny objawienia. Uważa, że są prawdy objawione dostępne rozumowi, jednak wiara i wiedza stanowią dwie różne dziedziny. Broni jedyności prawdy; nie może być sprzeczności między objawieniem a rozumem, niektóre prawdy przekraczają rozum, ale żadna mu się nie sprzeciwia. Prawda, jaką Bóg zsyła na drodze łaski, uzupełnia, ale nie zmienia tej, którą daje na drodze przyrodzonej. Teologia opiera się na objawieniu, a filozofia wyłącznie na fundamencie rozumu. Filozofia przygotowuje do wiary (praeambula fidei), ubezpiecza podstawy wiary, uzasadnia jedne tezy wiary i wskazuje rozumność innych [10].

 

Swoją oryginalną teorię bytu Tomasz sformułował w dyskusji z myślą Arystotelesa i Awicenny. Za punkt wyjścia dla poznania św. Tomasz przyjmował jednostkowe rzeczy.
I według jednostkowych rzeczy Tomasz kształtował swą koncepcję bytu. Jednostkowe rzeczy są substancjami – samoistnymi bytami. Są one zawsze złożone: z istoty (essentia) i istnienia (existentia). Istotą każdej rzeczy jest to, co wspólne jej gatunkowi i zawarte w definicji. Istota substancji cielesnej jest też złożona: z formy i materii. Forma jest podstawą tego co jest gatunkowe w jednostkach, a materia tego, co indywidualne, różne. Forma jest źródłem jedności w substancjach, a materia – mnogości, to też i cielesności. Na tym polega różnica po miedzy światem duchowym a cielesnym, bowiem to co cielesne składa się z formy i materii, a duchowe posiada tylko formę. Powyższe sformułowania oddawał również przy pomocy Arystotelesowskiego przeciwieństwa: potencja i akt. Forma jest aktem, czyli bytem rzeczywistym, a materia tylko potencją – bytem możliwym [11].

 

Na tej podstawie ontologicznej Tomasz buduje swój system obejmujący Boga i stworzenia, świat duchowy i cielesny. W ujęciu Tomasza Bóg jest bytem koniecznym, musi istnieć bo to leży w Jego istocie. Dlatego najwłaściwszym Jego imieniem jest „On Jest”.

 

E. Gilson analizując św. Tomasza zauważa, że gdyby zacząć coś dodawać, uzupełniać, mówić, że Bóg „jest tym” lub że „jest tamtym” to, tyle co ograniczać Go do „tego” lub „tamtego”. Bóg jest bytem, o którym można powiedzieć, że to co w innych bytach jest ich istotą, w Nim jest tym, co nazywamy „być”.  Dalej zauważa E. Gilson: w doświadczeniu ludzkim „byt” jest „czymś, co jest”, czyli istnieje. Ponieważ w Bogu nie ma czegoś, czemu można by przypisać istnienie, Jego esse jest dokładnie tym czym Bóg jest [12]. Jednak istnienie Boga nie jest prawdą oczywistą. Nie można tego istnienia po prostu wywieść z istoty Boga; nie można uchwycić go bezpośrednią intuicją ponieważ intuicja jest wrażeniem zmysłowym, a Boga nie można poznać zmysłowo; nie ma żadnego apriorycznego poznania Boga. Istnienie Boga także nie jest prawdą opartą na apriorycznym poznaniu. Jednak Boga można poznać wychodząc od danych zmysłowych, bytu skończonego i niedoskonałego[13]. Dowód na istnienie Boga jest możliwy, ale musi być aposterioryczny, musi wyprowadzać istnienie Boga ze znanych nam Jego dzieł. Tomasz podał pięć dowodów istnienia Boga: Pierwszy dowód (ex motu) z istnienia ruchu wnosi, że istnieje pierwsza przyczyna ruchu; drugi dowód bierze za podstawę przyczynowość sprawczą (ex ratione causa efficientis), z niesamoistotności świata wnosi, że istnieje istota samoistna będąca przyczyną świata; trzeci dowód za podstawę bierze istnienie niekonieczne (ex possibile et necessario) z przypadkowości rzeczy wynosi, że istnieje poza nimi istota konieczna; czwarty wychodzi od stopni bytu (ex gradibus perfectionis) z faktu, że istnieją istoty różnej doskonałości, wnosi, iż istnieje istota najdoskonalsza; piąty bierze za punkt wyjścia hierarchię w świecie (ex gubernatione rerum) z powszechnej celowości przyrody wnosi, że istnieje istota najwyższa, rządząca przyrodą a działająca celowo. Wszystkie te dowody typu kosmologicznego; opierają się na założeniu, że szereg przyczyn nie może iść w nieskończoność, więc musi istnieć pierwsza przyczyna [14].

 

Nauka o stworzeniu świata u św. Tomasza wynika z jego pojęcia Boga oraz pojęcia rzeczy skończonych, byt, który jest nie samoistny i nadany, musiało więc kiedyś nastąpić nadanie tego bytu, czyli stworzenie. Tomistyczne pojęcie stworzenia zawiera następujące składniki: 1) Świat został stworzony z niczego (creatio ex nihilo). 2) Stworzenie dokonane zostało wprost przez Boga. 3) Stworzenie jest aktem woli. Bóg rozporządzał wielu możliwościami, a urzeczywistnił tylko jedną. Każda istota działa według właściwego jej sposobu działania, Bóg działa w sposób wolny, właściwy istotom rozumnym. 4) Stworzenie odbyło się według idei Bożych. Bóg miał w wiecznych Swych ideach program świata: stworzenie polegało na zrealizowaniu ich. Działanie na podstawie idei jest właściwe tylko istotom rozumnym i wolnym, więc ono mogło być tylko działaniem Boga. 5) Stworzenie nastąpiło w czasie [15]. Jednak ten fakt pozostaje dla Tomasza sprawą wiary, jeśli Bóg chciał stworzyć świat w sposób wolny to nie możemy dowieść, iż w sposób konieczny chciał raczej w czasie niż w wieczności. Bóg okazał nam Swą wole poprzez Objawienia na którym oparła się wiara. Skoro rozum nie może wnioskować i skoro Bóg nas poinformował, musimy wierzyć, że świat się zaczął [16]. Bóg nie tylko stworzył świat, ale i nim kieruje. Zatem świat jest uporządkowany i rozwija się celowo według planu Boskiego, czyli Opatrzności. Części niższe służą wyższym, a wszystkie służą Bogu, który jest celem świata [17].