W dniu otwarcia szpital posiadał już oddziały: chirurgii ogólnej, urologii (z dwiema salami operacyjnymi), kardiologii, ortopedii, urazowy, pediatryczny, położniczo-ginekologiczny, radiologii i fizykoterapii. Gotowe były także: sala porodowa oraz laboratoria badań naukowych i obsługa transfuzji. Do dyspozycji chorych było w sumie 300 łóżek. Ponadto działało ambulatorium oraz pogotowie ratunkowe.

 

 

Wkrótce do szpitala przyjęto pierwszych pacjentów. Zgodnie z wolą Ojca Pio pomocy udzielano wszystkim, którzy się zgłosili, bez względu na ich stan, pochodzenie czy majętność. Biednych leczono bezpłatnie, zgodnie ze statutem, w którym zdeklarowano się przyjąć każdego potrzebującego pomocy i miłości w imię Chrystusa.

 

Ojciec Pio był nie tylko inicjatorem Domu Ulgi w Cierpieniu, zabiegał także o jego rozwój i troszczył się o chorych, którym oprócz pocieszenia i modlitwy udzielał błogosławieństwa, Komunii Świętej, a z okazji uroczystości odprawiał Mszę Świętą i organizował procesje z Najświętszym Sakramentem po wszystkich oddziałach szpitala.

 

Ojciec Pio wskazywał chorym sposób przezwyciężania cierpienia poprzez świadomą akceptację swego bólu i poprzez pogodne poddanie się swojemu losowi jako drodze do Boga. Wiedział dobrze, że wobec choroby nawet najbogatszy i najsilniejszy czuje się pokonany, odkrywając w niej własną słabość, całkowite zagubienie, niewypowiedziane osamotnienie, a nade wszystko granice ludzkich możliwości. Taki stan niektórych prowadził do rozpaczy, innych zaś do szukania wartości nadprzyrodzonych, dlatego Zakonnik zachęcał wszystkich cierpiących do odwagi w znoszeniu bólu za pośrednictwem Maryi. U Niej szukał pomocy dla swoich chorych i polecał ich Jej wstawiennictwu i opiece.

 

 

Po roku okazało się, że szpital nie jest w stanie pomieścić wszystkich chorych. W takiej sytuacji Ojciec Pio postanowił: Postawcie nowe łóżka, zlikwidujcie pomieszczenia biurowe, a nigdy nie mówcie chorym: nie! Chorym nie można odmówić niczego. Kiedy okazało się, że takie rozwiązanie nie przynosi oczekiwanych rezultatów, Zakonnik zadecydował o powiększeniu szpitala.

 

W 1966 roku otwarto nowe skrzydło budynku, które mogło pomieścić 600 chorych. Wkrótce jednak pojawiły się zarzuty, że szpital jest zbyt luksusowy i nowoczesny. Ojciec Pio skwitował je słowami: Zbyt luksusowy? Gdyby to było możliwe, to bym ten dom zbudował ze złota..., gdyż chorym jest Jezus, a to wszystko tak mało, cośmy uczynili dla Pana. Całkowicie bezinteresowne umiłowanie ludzi było jego życiowym przesłaniem, które rozchodziło się po świecie i przyciągało rzesze ludzi szukających pomocy i ratunku w cierpieniu i chorobie.

 

Charyzmatyczny Zakonnik przewidział wiele instytucji i akcji towarzyszących rozbudowie szpitala. Jego projekty zaczęły się powoli realizować. Widział w tym nie swoją genialność, ale wolę Bożą, dlatego podkreślał, że one nie są moim dziełem, lecz Pana Boga. Jego pragnieniem było wybudowanie szpitala-miasta, w którym ze względu na miłość do Boga i bliźnich niesiono by ulgę w cierpieniu, zabiegając o zdrowie ciała i wychowując do przyjęcia cierpienia po chrześcijańsku. Tak powstał szpital, który różnił się od innych tym, że łączył w sobie doświadczenie cierpienia chorych z cierpieniem Chrystusa na krzyżu, który lecząc ciało, leczył i ludzkiego ducha.
Po śmierci Ojca Pio zbudowano nowoczesny pawilon. Wraz ze szpitalem tworzy on ogromny kompleks, nowocześnie wyposażony i dysponujący doskonałymi specjalistami.