Został laureatem wielu nagród, między innymi: im. Jurzykowskiego (1988), Pen Clubu (1993), im. K. Pruszyńskiego (1993). Uniwersytet Łódzki i Wyższa Szkoła Pedagogiczna w Krakowie nadały mu doktorat honoris causa. W 1999 r. został Kawalerem Orderu Orła Białego. Jest autorem wielu książek, w tym dzieł filozoficznych (Filozofia dramatu, 1990, wyd. 2 popr. 1998; Spór o istnienie człowieka, 1998), zbiorów szkiców i esejów poświęconych problematyce filozoficznej, społecznej i religijnej (m.in.: Świat ludzkiej nadziei, 1975; Etyka solidarności, 1981, wznow. wraz z Homo sovieticus, 1992; Myślenie według wartości, 1982; Nieszczęsny dar wolności, 1993; W krainie schorowanej wyobraźni, 1997; Ksiądz na manowcach, 1999), tomów rozmów (Między Panem a Plebanem - wraz z A. Michnikiem i J. Żakowskim, 1995; Tischner czyta Katechizm, 1996, wraz z J. Żakowskim; Przekonać Pana Boga, wraz z D. Zańko i J. Gowinem, 1999). Znane są również jego publikacje o charakterze duszpasterskim: Jak żyć? (wyd. 2 1997) oraz Pomoc w rachunku sumienia (2000). W ostatnich latach życia ciężko zachorował na raka krtani. Pomimo, iż utracił możliwości mówienia, niemal do ostatniej chwili pisał. Z tego okresu pochodzą przejmujące teksty o Bożym Miłosierdziu. Ksiądz Profesor Józef Tischner przeżywszy 69 lat spoczął na wiejskim cmentarzu w Łopusznej. Po jego śmierci Jan Paweł II napisał miedzy innymi:
„Z głębokim żalem przyjąłem wiadomość o śmierci Księdza Profesora Józefa Tischnera. Przychodzą mi na myśl jego własne słowa:
Kie pudziemy z tela, to nos bedzie skoda
Po górach, dolinach płakać bedzie woda.

Głęboko odczuwam stratę tego Kapłana, który był człowiekiem Kościoła, zawsze zatroskanym o to, by w obronie prawdy nie stracić z oczu człowieka, którego Bóg wybrał, umiłował i odkupił, i który oczekuje zbawienia. Był obdarzony niezwykłym talentem obserwacji świata i życia. A wszystko, co dostrzegał, odnosił do Boga, który jest miłością. W tej perspektywie tworzył podwaliny do realizacji idei dialogu ze wszystkimi ludźmi dobrej woli, również z tymi, którzy nie zaznali łaski wiary. Filozof i teolog, który był otwarty na człowieka, a równocześnie nigdy nie zapominał o Bogu”.

 

Józka Tischnera kochali górole i lubiyły cepry. Pamięć o jego myślach jes je wse zywo. I pytają się ludzie, jak to jest:
no bo góralscy mędrole sprzed wieków
jakiesi dzisiejse nazwiska nosóm
i koło nos się przechodzajóm;
to, cy óni sóm dzisiejsi, cy downi?
He. Moze być rozmaicie.
Ta i nazwiska się rade powtorzajóm.
Może óni sóm downi… Może óni sóm dzisiejsi…
Myślijcie se, jako Wóm pasuje.
I o Józku z Łopusznej myślijcie Se, jako Wóm pasuje. Ale ludziska godajom:
Kwolić Boga, ze był i ze jes!
Jakby go nie było, to by było skoda.
Ón pado:
jesce więkso byłaby skoda,
kieby na tym świecie nie było gór ani górali.
Inaczej nie rzeknies. Myśli mądrych ludzi wiecnie zywe.
Ale i góry i górale i nawet cepry byliby jakiesiyk inne, kieby nie Józek Tischner z Łopusznej nas podhalański mędrol. Hej.