Ojciec Pio żywo i szczerze uczestniczył w ich duchowych i życiowych wydarzeniach, o czym zaświadcza Nina Campanile, kiedy pisze: "W kierownictwie duchowym Ojciec Pio nie ograniczał się jedynie do słuchania o sprawach dotyczących pobożnych praktyk, lecz wchodził we wszystkie szczegóły dnia, w całe życie naszej rodziny…". Jej opinię potwierdza także Raffaelina Russo: "Ojciec Pio był bardzo zadowolony, mogąc mówić nam o sprawach duszy, o kierownictwie duchowym, a prócz tego o naszych krewnych, o naszej pracy, o małym sklepiku przez nas prowadzonym, właściwie o przebiegu całego naszego wewnętrznego i zewnętrznego życia, dokładnie tak jak ojciec rodziny zajmuje się wszystkim, aby całość zmierzała ku lepszemu".
Bycie ojcem zatroskanym o każdy wymiar życia jego duchowych córek najlepiej obrazuje charakter relacji, które go łączyły z tymi kobietami.

Wraz z upływam czasu i rozgłosem, jaki przyniosła mu nie tylko fama świętości, ale i wszechobecna prasa, grono kobiet gromadzących się przy Ojcu Pio powiększało się, rodząc równocześnie podejrzenia i spekulacje co do charakteru i motywów tych kontaktów Zakonnika z płcią piękną.

Jak niegdyś Jezusa, tak wówczas Stygmatyka z góry Gargano otaczała prawie nieustannie grupa kobiet. Nie wszystkie jednak szukały duchowej pomocy, dlatego styl kierowania duszami podczas spowiedzi u Ojca Pio musiał ulegać zmianom. Z wielkim wyczuciem, ale i odpowiedzialnością dostosowywał się do osobistych potrzeb penitentek: dla jednych miał słodycz, dla drugich surowe słowo. Prowadziło to naturalnie do wybuchów zazdrości, których owocem były najczęściej anonimy następującej treści: "Ojciec Pio kocha się w tej" lub "Ojciec Pio otacza zbytnimi względami tamtą". Takim pomówieniom wtórowała oczywiście prasa, w której żądni sensacji dziennikarze rozpisywali się o kobietach walczących na parasole o pierwsze miejsca w kościele, o podsłuchiwaniu przez nie spowiedzi pod pozorem pilnowania porządku i rozpowiadaniu plotek zbudowanych na informacjach wyniesionych z konfesjonału, a także o uruchomionej przez nie sprzedaży "rezerwacji" na spowiedź u Ojca Pio.

Do tych skandalizujących informacji podawanych przez prasę dołączyły się podejrzenia współbraci. Otóż pewien kapucyn - o którym można by rzec, że był opętany istną manią na tle moralności swych współbraci - "zatroskany" o zbawienie Ojca Pio, postanowił przeprowadzić na własną rękę dochodzenie w związku z ewentualnymi grzesznymi znajomościami Zakonnika, posługując się przy tym wahadełkiem. Jego podejrzenia podsyciła siostra Lucia, zakonnica z Foggii, która podczas spowiedzi wyznała, że w nocnym widzeniu "ujrzała" Ojca Pio na krawędzi piekła z powodu grzechu rozpusty. Wtedy postanowił działać. Zaczął od modlitw, a następnie poprzez egzorcyzm posunął się aż do zainstalowania podsłuchu w postaci magnetofonów i mikrofonów. I tak, broniąc rzekomo moralności życia zakonnego, stał się przyczyną kolejnego skandalu, którego ofiarą padł niewinnie posądzony Ojciec Pio.

Takie doniesienia słusznie budziły zainteresowanie Świętego Oficjum, które wielokrotnie przysyłało swych wizytatorów do San Giovanni Rotondo i wprowadzało często zbyt surowe restrykcje wobec niesprawiedliwie podejrzewanego zakonnika.

Ojciec Pio na tak stawiane zarzuty reagował bardzo spokojnie, mając świadomość, że są one nieprawdziwe. Jednej ze swoich duchowych córek, Marii Grazii Massie, która ubolewała nad jego trudną sytuacją, oświadczył: "Moja córko, wiem o wszystkim! Ale czy to ważne, że obrzucano moją biedną osobę błotem za życia, a potem obrzucać będą po śmierci? Mnie wystarczy ratować dusze i to konkretne dusze".

Warto w tym miejscu przypomnieć, że Ojciec Pio zawsze podkreślał wartość dziewictwa i czystości, która była dla niego "miłością świętą i upragnioną". Twierdził, że "jeśli ci, którzy sercem zaślubili się Bogu, nie kochają swej czystości, są czyści tylko na pozór". On kochał czystość, bo umiłował Boga i strzegł jej wiernie. Ta autentycznie przeżywana miłość do Boga nie pozwalała mu na braki w miłości bliźniego, zwłaszcza gdy była nim kobieta. Jako mistyk i realista miał świadomość, że sama miłość nie wystarczy, by ustrzec ślubowanej czystości, do tego bowiem konieczna jest czujność. Stróżem jego czystej miłości było więc czuwające serce.