Z inicjatywy Jana Pawła II od 1984 r. zaczęto w Kościele organizować Światowe Dni Młodzieży. W dwa lata później papież postanowił, że będą się one odbywać co rok na przemian: raz w diecezjach, a w następnym roku w wyznaczonym miejscu na świecie. W 1991 r. młodzież z całego świata – także zza Żelaznej Kurtyny – przyjechała na Jasną Górę. Papież wyznał w książce „Wstańcie, chodźmy!”, że inspiracją były jego krakowskie spotkania z młodzieżą studencką i oazową. Podczas Światowego Dnia Młodzieży w Manilii (15 stycznia 1995) papieska Msza św. była największym zgromadzeniem w dziejach. Uczestniczyło w niej ok. 5–6 mln. wiernych, nie tylko katolików. Tłum był tak wielki, że papież nie mógł się przedostać do ołtarza samochodem, ale musiał skorzystać z helikoptera. To zgromadzenie miało miejsce na kontynencie azjatyckim, najludniejszym, a zarazem najmniej katolickim.

 

Spotkania te wciąż  budziły niedowierzanie światowych mediów, które ogłaszały kolejne kryzysy, a młodzież – jak w Denver (USA) czy w Paryżu – zaskakiwała milionową obecnością. Papież miał z nią doskonały kontakt, kochał młodych ludzi i oni odwzajemniali  jego miłość. Młodzi wiedzieli, że Jan Paweł II jest człowiekiem, który najgłębiej wierzy w to co mówi. Często mówili, że jest ich jedynym autorytetem. Dlatego przyjmowali jego słowa, także wtedy, gdy stawiał im niełatwe wymagania.

 

 

Do historii Jan Paweł II przejdzie także jako papież, który miał odwagę przeprosić za błędy i grzechy popełnione przez ludzi Kościoła. I choć były głosy, nawet z najbliższego otoczenia papieża, że publiczne wyznanie win może nadwyrężyć autorytet Kościoła, on nie zrezygnował z tego zamiaru. 12 marca 2000 r. w Bazylice św. Piotra podczas liturgii pokutnej prefekci kongregacji watykańskich wypowiadali słowa modlitwy, w których przepraszali za grzechy popełnione przez ludzi Kościoła wobec prawdy, jedności Kościoła, wobec Żydów, przeciw miłości i pokojowi. Papież prosił o wybaczenie i zapewnił, że Kościół również wybacza innym grzechy popełnione wobec niego.

 

W Pradze 21 kwietnia 1990 r., Jan Paweł II wskazywał na „nieskazitelność życia osobistego” czeskiego reformatora Jana Husa. Natomiast w liście wydanym z okazji 500. rocznicy urodzin Marcina Lutra (31 października 1983) nazwał twórcę reformacji „człowiekiem głęboko religijnym” i zachęcił do kontynuowania sumiennych badań historycznych nad jego osobą. Tak o tych dwóch postaciach nie mówił żaden papież. Podobnie zresztą jak o Galileuszu, o którym Jan Paweł II powiedział 31 października 1992 r., że „okazał on większą przenikliwość niż teolodzy, jego przeciwnicy, którzy nie byli zdolni do rewizji interpretacji Biblii”.