Jednym z najwazniejszych przygotowań duchowych w ramach beatyfikacji Ojca i Założyciela było przeniesienie jego doczesnych szczątków kaplicy Domu Macierzystego Towarzystwa Boskiego Zbawiciela w Rzymie. 

Aby zapewnić nowemu Błogosławionemu godne miejsce, ponad pół roku temu Generał rozpoczał proces przebudowy i renowacji kaplicy, w której wspólnota codziennie sprawuje Eucharystię. Marko Ivan Rupnik SJ, który zasłynął jako twórca mozaik i malarz licznych kościołów, m.in kaplicy Redemtoris Mater w Pałacu Apostolskim w Watykanie, kościoła San Giovanni Rotondo, sankturiów w Fatimie i Lourdes oraz katedry La Almuneda w Madrycie. 

Główne obrazy w kaplicy Domu Macierzystego przedstawiają absis: "Chrzest Pański", gdzie Bóg Ojciec wskazuje, że "To jest mój Syn umilowany, Jego słuchajcie!". Kto chce poznać Ojca, niech zbliży się do Syna, Zbawiciela świata, który objawia w sposób wyjątkowy i ostateczny, kim jest Bóg.

Drugi obraz, znajdujący się w tylnej części kaplicy, przedstawia scenę Wniebowstąpienia i Zesłania Ducha Świętego, kiedy to apostołowie zostają posłani, aby Głosić Dobrą nowinę wszystkich narodom. Centralną postacią jest Maryja Panna, symbolizująca Matkę, która stoi za Kościołem, którego głową jest Chrystus i uczestniczy w misji Zbawiciela. Podobnie jak apostołowie, my salwatorianie również jesteśmy powołani do uczestnictwa w misji Zbawiciela, słuchając Go z bliska i czując się posłani do wszystkich narodów, aby głosić Zbawienie. 

W centrum kaplicy znajduje się prosty, ale solidny nagrobek z relikwiami bł. Franciszka Marii od Krzyża Jordana, do którego z pewnością przyjdą setki ludzi, aby modlić się przez jego wstawiennictwo. 

13 maja, w uroczystość Wniebowstąpienia Pańskiego, wspólnota Domu Macierzystego, pod przewodnictwem przełożonego generalnego, o. Miltona Zonty, odprawiła pierwszą Mszę św. w tej nowej przestrzeni duchowej, która będzie prowadzić wielu do modlitwy, aby umocnić się i aktywnie uczestniczyć w misji Zbawiciela.