Jedna z legend masońskich podaje, że w dniu spalenia Jakuba de Molay kilku wtajemniczonych, przebranych za mularzy, przyszło zebrać jego popioły i wówczas poprzysięgło katom zemstę. Rocznica śmierci Wielkiego Mistrza jest w lożach obchodzona uroczyście. W dawnym domu templariuszy, zwanym Temple, był więziony Ludwik XVI, a jego skazanie na śmierć i ścięcie wielu tłumaczyło jako zemstę za spalenie żywcem Jakuba de Molay. Tymi mścicielami mieli być w tym przypadku masoni, a głównie ich Wielki Mistrz, wówczas książę orleański.

 

Tradycję templariuszy włączyły w XIX wieku do wolnomularstwa loże francuskie i niemieckie. Jak podają źródła masońskie: najstarszy wiarygodny dokument na ten temat pochodzi z 1780 r. Pierwszą wzmiankę o rycerzach templariuszach, jako spokrewnionych z wolnomularstwem, spotykamy w protokołach loży „Kapituła Sklepienia Królewskiego św. Andrzeja” w Bostonie z 1769 r.

 

Wielka Loża w York usankcjonowała w 1780 r. stopień „rycerza templariusza”. Nie można jednak potwierdzić historycznie związku pomiędzy rycerskim Zakonem Templariuszy a wolnomularstwem, choć próbowano budować na ten temat wiele dyskusyjnej jakości teorii.

 

Niektórzy badacze dziejów templariuszy wskazują na fakt ich współpracy z muzułmanami, jako na źródło przejęcia pewnych nauk, misteriów i obrzędów z Azji Mniejszej do obrzędowości zakonu. Przesiąknięcie herezjami Bliskiego Wschodu mogło zbliżać templariuszy do gnozy, która dla wielu stanowi główne źródło ideologii masońskiej.

 

W łonie samej masonerii zdania na temat związku z templariuszami są podzielone. Już w 1782 r. Konwent w Wilhelmsbad zaprzeczył pochodzeniu wolnomularstwa od templariuszy, orzekając, że „wolnomularstwo szkockie nie było ani dalszym ciągiem ani też odrodzeniem tego Zakonu”.

 

Odcinianie się części masonerii od tradycji templariuszy nie przeszkadza jednak powstawaniu szeregu organizacji i stowarzyszeń, będących stosunkowo blisko masonerii, a powołujących się na zakon Jakuba de Molay. Przykładem tego może być, funkcjonujący od XIX w., Zakon Templariuszy Wschodu (Ordo Templi Orientis – skrót: O.T.O.), którego współczesnym odnowicielem i propagatorem był Aleister Crowley (+1947). Crowley wstąpił do O.T.O. w 1912 r., stając na czele jego brytyjskiej sekcji, Mysteria Mystica Maxima, i przybrał imię Baphometa.
 
Baphomet to imię antychrześcijańskiego bóstwa, któremu mieli oddawać cześć templariusze. „Baphomet” to akrostych, czytany wspak (według kryptografii Kabały) – „Temophab”, znaczy „Templi omnium hominum pacis abbis” tj. „opat świątyni pokoju wszechludzkości”. Baphomet jest przedstawiany jako kozioł z wielkimi rogami, z kobiecą piersią, ze skrzyżowanymi kopytami, siedzący na ujarzmionym globie. Na łbie ma pentagrammę (gwiazdę pięcioramienną), u pleców zaś skrzydła. Jego prawa ręka, z napisem „Solve” („rozwiąż”) i złożonymi na krzyż palcami, jest wyciągnięta ku znajdującemu się u góry półksiężycowi. Lewa ręka, z napisem „Coagula” („zwiąż”), również ze skrzyżowanymi palcami, wyciągnięta jest do półksiężyca w dole. Na pokrytym łuską brzuchu ma kaduceusz Hermesa (pospolity znak sztuki lekarskiej), tutaj będący symbolem drzewa wiadomości dobrego i złego.

 

Według podania masońskiego statua z wizerunkiem Baphometa została dana templariuszom przez samego „Wielkiego Budowniczego Świata”. Od templariuszy miała ona przejść do socynianów, a potem do masonów. W Europie, w czasach duchowego zamętu, który doprowadził do rewolucji francuskiej, „modne” stało się odwoływanie do sił demonicznych. Dużą popularność zdobyła wówczas wróżka La Voision, udzielająca wyroczni i porad ówczesnej arystokracji. W drugiej połowie XVII wieku odprawiono pierwsze tzw. czarne msze. Chcąc sobie zapewnić dobry los, spełnić ukrywane bluźnierstwa i zrealizować żądze seksualne, szlachta Ludwika XIV, głównie kobiety, najęła około 50-60 kapłanów – odstępców, by ci przewodzili „specjalnym” mszom opartym na magicznych wezwaniach i gestach. Związane one były niekiedy ze składaniem szatanowi ofiar z ludzi – najczęściej małych, ochrzczonych chłopców – z różnego rodzaju praktykami seksualnymi, bezczeszczeniem Najświętszego Sakramentu i zaklęciami. W połowie XVIII wieku, w Anglii, powstało jedno z pierwszych stowarzyszeń satanistycznych: Hellfire Club (Klub Piekielnego Ognia). Założył je sir Francis Dashwood (1708-1780) i prawdopodobnie było ono lożą czcicieli diabła, choć niektórzy twierdzą, że Dashwood i jego towarzysze składali ofiary Bachusowi i Wenus, a nie Lucyferowi. W 1839 r. Eugéne Vintras, po szeregu wizji, założył grupę religijną „Dzieło Miłosierdzia”, która obwieszczała szybkie nadejście „trzeciej ery” – ery Ducha Świętego. Zyskał on nawet dla swej działalności przychylność dwóch duchownych, którzy celebrowali dla grupy „specjalne msze”. Vintras nosił szaty z odwróconym wizerunkiem krzyża, a wiele elementów „jego” mszy przypominało „msze czarne”. W 1848 r. papież formalnie ekskomunikował Vintrasa i jego „kapłanów ciemności”.