W 1546 r. do dzieła przyłączył się na szczęście sędziwy już Michał Anioł, który zadeklarował, że będzie pracował za darmo, per amor di Dio, w zamian za co otrzymał od papieża stosunkowo wielką swobodę działania. W budowie nastąpił radykalny przełom. Buonarroti obchodził się bowiem z bazyliką jak rzeźbiarz. „Ugniatał” ją swymi palcami, tworząc jej gliniane modele i traktując ją jak organiczną całość. Nie kopiował antycznych wzorców, ale swobodnie posługiwał się kanonami antyku, jakby były one swoistym alfabetem, z którego on, twórca, miał prawo swobodnie tworzyć nowe dzieła na miarę swego geniuszu, budując świątynię z kamienia, przestrzeni i światła. Tym samym Michał Anioł, dochowując wierności pierwotnemu projektowi Bramantego, zerwał z renesansowym pojmowaniem antyku i kanonów doskonałości. Ręka Michała Anioła odcisnęła na bazylice niezatarty ślad. Choć umarł na kilkanaście lat przed postawieniem kopuły (1564 r.), kolejni architekci w miarę możliwości jak najpełniej respektowali jego plany. Wszystko, co wybudowano w bazylice po jego śmierci, było wariacją na temat jego stylu, odznaczającego się niebywałą harmonią i lekkością.

 

Co ciekawe, jego budowanie watykańskiej świątyni (1546-1564) zbiegło się w czasie z odbudową Kościoła na soborze trydenckim (1545-1563). I może właśnie dlatego przez wszystkie kolejne stulecia Bazylika św. Piotra będzie postrzegana jako symbol wielkości katolicyzmu i geniuszu katolickiej kontrreformacji.

 

 

Budowa kopuły rozpoczęła się dopiero w 1587 r. i trwała trzy lata. W porównaniu z pierwotnym projektem Michała Anioła jest ona o 1/6 wyższa.

 

Sto lat po rozpoczęciu budowy, kiedy przednia część bazyliki, wznosząca się nad grobem św. Piotra, była już gotowa, na swoim miejscu stała wciąż nietknięta nawa główna konstantyńskiej świątyni. Kiedy przyszła na nią kolej, w Italii rozpętała się istna burza. W XVI w. pod wpływem reformacji zmieniło się postrzeganie starochrześcijańskich zabytków, które w konfrontacji z protestantami świadczyły o ciągłości tradycji i legitymizowały autorytet Kościoła. Burzenie stojącej od 1300 lat bazyliki tchnęło świętokradztwem. Z drugiej strony, z estetycznego i architektonicznego punktu widzenia połączenie starej i nowej bazyliki było po prostu niemożliwe. Jednocześnie w Italii, a zwłaszcza we Florencji, nasilał się kult Michała Anioła. Jego wielbiciele domagali się od papieża, aby budowę bazyliki kontynuowano według zamysłu wielkiego mistrza. Ostatecznie wybrano rozwiązanie kompromisowe. Stara bazylika została rozebrana, a nowa była budowana w stylu Michała Anioła, ale zamiast centrali na planie krzyża greckiego, jak planował Bramante, a za nim Buonarroti, postanowiono dobudować długą nawę, która nadawała świątyni kształt krzyża łacińskiego.

 

Inna niż planował Michał Anioł jest również fasada. Florencki artysta, wzorując się na fasadzie Panteonu, chciał postawić dwa rzędy kolumn, z tym że w odróżnieniu od antycznej świątyni liczba kolumn w każdym z rzędów nie miała być taka sama. Kierujący budową czciciel Michała Anioła – Maderno, zrealizował projekt mistrza na sposób barokowy, czyli iluzoryczny. Kolumny zostały wkomponowane w ścianę fasady, ale w taki sposób, że patrząc na bazylikę, bez trudu możemy sobie wyobrazić kolumny z projektu Michała Anioła.

 

Największą krzywdę wyrządził Buo-narrotiemu Paweł V, który po obu stronach fasady kazał wybudować dzwonnice zasłaniające ramiona transeptu. Aby je dziś zobaczyć i w pełni podziwiać to tak bardzo efektowne dzieło Michała Anioła, trzeba je oglądać z Ogrodów Watykańskich.

 

 

Największy wpływ na ostateczny kształt świątyni miał Bernini, który wewnątrz bazyliki postawił ogromny baldachim, będący odtąd jej dominującym punktem, oraz związany z nim wizualnie ołtarz katedry: ten, kto wchodzi do bazyliki, widzi baldachim zarówno nad grobem, jak i nad katedrą św. Piotra. Ironią losu, w baldachimie Berniniego spełnia się dosłownie pierwotny zamysł Bramantego: brąz, z którego został odlany, pochodzi właśnie z antycznego Panteonu.

 

Dziełem Berniniego jest również kolumnada, wybudowana w latach 1657-1667, która – jak pisał sam architekt – niczym otwarte ramiona matki wszystkich wita w głównej świątyni chrześcijaństwa: „Katolików, by ich w wierze utwierdzić, heretyków, by ich z powrotem przywieść do Kościoła, niewierzących, by ich prawdziwą wiarą oświecić”.