Od wiosny 1585 roku przebywał w kolegiach w Krakowie, Poznaniu i Braniewie oraz gromadził „warsztat naukowy do rozpoczęcia prac nad tłumaczeniem Biblii”. Kolejne kilka lat poświęca nad tłumaczeniem fragmentów Biblii. W maju 1589 roku objął funkcję superiora domu zakonnego św. Barbary w Krakowie, kontynuował tłumaczenie Biblii i już latem 1589 roku miał ukończony przekład Nowego Testamentu. Urząd przełożonego w Krakowie pełnił do października 1592 roku i następnie został skierowany do Poznania, aby dokończyć tłumaczenie całego Pisma Św. Dnia 20 kwietnia 1593 roku podpisał i została wydana drukiem „Przedmowa do Nowego Testamentu”. W lutym 1594 roku wydano drukiem „Psałterz” oraz drugie wydanie „Nowego Testamentu”.

 

Na początku 1597 roku ks. Jakub Wujek ponownie zamieszkał w kolegium św. Barbary w Krakowie i tam spędził ostatnie miesiąca życia. Zmarł 27 lipca 1597 roku i został pochowany w podziemiach kościoła św. Barbary w Krakowie tuż przy Bazylice Mariackiej.
Tłumaczenie Biblii w przekładzie ks. Jakuba Wujka SJ ukazało się już po jego śmierci w Krakowie, dnia 25 sierpnia 1599 roku nakładem prymasa Karnkowskiego. 
Ksiądz Jakub Wujek z Wągrowca był jednym z pierwszych Polaków, którzy wstąpili do Towarzystwa Jezusowego, był wybitnym teologiem, a jednocześnie skromnym człowiekiem, który poświęcił się służbie Bogu i zakonowi. W czasie swego bogatego i pracowitego życia napisał i wydał ponad 30 publikacji, a największym życiowym dziełem było przetłumaczenie na język polski całej Biblii. 

 

Ważnym przyczynkiem do pogłębienia wiedzy o Ks. Jakubie Wujku był Kongres Biblistów Polskich w Wągrowcu, zorganizowany w dniach 20 – 27 maja 1973 roku, który odbywał się w murach klasztoru pocysterskiego w Wagrowcu, tam gdzie swoje pierwsze nauki pobierał późniejszy wybitny biblista i teolog. W kongresie uczestniczyli m.in. ks. kard. Stefan Wyszyński Prymas Polski i ks. kard. Karol Wojtyła metropolita krakowski oraz wielu wybitnych profesorów teologii i Pisma Św. z całej Polski.

 

 

.....................................