Aresztowana przez Niemców 2 kwietnia 1941 roku wraz z całą wspólnotą klasztoru przasnyskiego liczącego wówczas 36 sióstr, została osadzona w obozie koncentracyjnym w Działdowie. Mniszki umieszczono w brudnym baraku z zarobaczoną słomą i stłoczono w celi numer 31. W tych nieludzkich warunkach siostry uświęcały czas modlitwą brewiarzową we dnie i w nocy, odmawiały nieustannie Różaniec święty, zmieniając się co godzina po dwie, odprawiały Drogę Krzyżową, medytacje. Znajdowały moc z nieba na drodze cierpienia. Szybko przyswoiły sobie absurdalny regulamin obozu i próbowały przetrwać bestialskie warunki. Upokorzeniom nie było końca i nic nie zapowiadało poprawy warunków, ani powrotu do klasztoru. Oddaję głos Ojcu  K. Synowczykowi:

 

„W tych nieludzkich warunkach znęcania się nad niewinnymi, w brudzie, zimnie i głodzie przyszło także żyć ciężko chorej siostrze Teresie od Dzieciątka Jezus. Pobyt w lagrze radykalnie pogorszył jej stan zdrowia. Miesiąc po deportacji mniszek, siostra Kowalska dostała krwotoku, który rozpoczął jej jedenastotygodniową drogę męczeństwa i śmierci. Opieki lekarskiej w obozie praktycznie nie było. Po długich i natarczywych nawoływaniach dyżurujący żołdak podał trochę wody, natomiast sanitariusz ograniczył się do lakonicznego stwierdzenia, że stan chorej jest poważny. Czuła się coraz gorzej, brakowało świeżego powietrza. Leżała na barłogu, dusząc się z powodu kurzu, który powstawał przy każdym poruszeniu startej słomy. Na domiar złego w obozie wybuchła epidemia tyfusu - wszystkie cele dezynfekowano chlorkiem, który u ludzi zdrowych podrażnia krtań, zaś w przypadku chorych na gruźlicę przynosi o wiele bardziej poważne skutki uboczne. Oddychanie stawało się katorgą. Siostra Teresa nie mogła już chodzić. Miała obolałe ciało, na którym pojawiły się odleżyny, tworząc jedną wielką ranę. Z wysoką gorączką leżała na ziemi prawie martwa, trawiona przez ogień w płucach. Dochodzące z korytarzy i podwórka krzyki i wrzaski gestapowców rozsadzały jej głowę. Pod wieczór z trudem mogła przełknąć kilka łyżek płynu i znów leżała cicho, bez skargi na swój drogocenny krzyż.”

 

"Pan Jezus jednak wiedział - pisze siostra Honorata - że od s.Teresy wiele wymagać może, że ta oddana Mu bez reszty dusza będzie umiała ocenić dar cierpienia, więc dawał jej to cierpienie miarą potrzęsioną i opływającą". Z Chrystusem pozostawała przybita do krzyża.

 

Nieraz siostry przeżywały nieopisaną kaźń Żydów, którzy mieszkali w tym samym baraku. Prawie bez przerwy słyszały odgłosy silnych uderzeń bata i rozdzierający krzyk, który przechodził w skowyt. Rozsadzało to serce i mózg chorej mniszki, która współcierpiała z ofiarami bestialstwa, modląc się o zmiłowanie Boże. Brak miłosierdzia ze strony gestapowców, wyzwalał miłosierdzie u tych, które poszły za Chrystusem i uwierzyły w słowa jego Ewangelii: "Błogosławieni miłosierni, albowiem oni miłosierdzia dostąpią" [Mt. 5,7]. Młoda mniszka z Przasnysza znała wielkość Bożego miłosierdzia, które nie jest wyrazem słabości, tolerancji, czy też pobłażania i usprawiedliwiania zła. W obliczu przemocy, ucisku icierpienia, okazała się jak święta Klara mulier fortis, bo prawdziwie wierzyła w moc słowa Chrystusa, które otwiera perspektywę nowego stworzenia naznaczonego pojednaniem i pokojem.
 
Życie męczennicy powoli dogasało. Co dzień bardziej słaba umierała bez lęku i żalu, że tak przedwcześnie musi odchodzić, że umiera w obozie a nie w klasztorze. W poddaniu się woli Bożej znosiła wszystkie doświadczenia i z wiarą podążała na spotkanie z Panem. Na kilka dni przed śmiercią odbyła ceremonię ponownego zrzeczenia się wszystkiego. Czego mogła się zrzec mniszka w warunkach ekstremalnego ubóstwa? Chyba tego, co mogłaby posiadać i co mogłaby żywić w swoim sercu do prześladowców, a nade wszystko - zrezygnowała z pragnienia życia na ziemi za wszelką cenę. Na pewno zrezygnowała z poszukiwania sprawiedliwości bez przebaczenia, z zemsty, z odwetu, buntu, pretensji i żalu. Męczennica za wiarę dobrze zrozumiała naukę świętego Franciszka, zawartą w napomnieniu dotyczącym ubóstwa ducha. "Wielu jest takich - napomina Seraficki Ojciec - którzy oddając się gorliwie modlitwom i obowiązkom, nękają swe ciała licznymi postami i umartwieniami, lecz z powodu jednego tylko słowa, które zdaje się być krzywdą dla ich ciała, lub z powodu jakiejś rzeczy, której się ich pozbawia, wzburzają się i wpadają w gniew. Ci nie są ubodzy duchem".

 

Potrzeba więc było tego aktu, aby na nowo rozpalić w sobie pragnienie i gotowość całkowitej ekspropriacji, zapomnienia o sobie oraz wzniecić ogień miłości nieprzyjaciół . Błogosławiona przeprosiła swoje siostry za wszystkie uchybienia w jej życiu i odnowiła profesję rad ewangelicznych.